UAB „Telšių vandenys“ eksploatuoja 14 nuotekų valyklų: Telšiuose, Varniuose, Janapolėje, Pavandenėje, Žarėnuose, Kaunatavoje, Nerimdaičiuose, Nevarėnuose, Dūseikiuose, Luokėje, Tryškiuose, Eigirdžiuose, Buožėnuose bei Gedrimuose; 124 nuotekų kėlyklas ir 230 km nuotekų tinklų, Telšių miesto paviršinių (lietaus) nuotekų tinklus.
2010 m. gruodžio 31 d. baigtas įgyvendinti Ventos – Lielupės upės baseino investicinės programos I etapo, I fazės projektas. Projekto metu buvo rekonstruoti Telšių miesto nuotekų valymo įrenginiai: pastatyti orapūčių ir dumblo sausinimo, mechaninio valdymo pastatai, septinių nuotekų priėmimo stotis, techninio vandens siurblinė, dengta dumblo saugojimo aikštelė, bioreaktorius, priėmimo kamera, septinių nuotekų siurblinė ir vietinių nuotekų surinkimo siurblinė. Šioje valykloje papildomai iš nuotekų pašalinamas azotas ir fosforas. Per parą nuotekų valykloje išvaloma apie 10 tūkst. m³ nuotekų.
Laboratorijos tyrimai patvirtina, kad Telšių miesto nuotekų valykloje nuotekos išvalomos pagal Lietuvos Respublikos, Europos Sąjungos ir Helsinkio konvencijos aplinkosauginius reikalavimus. Per 2025 metus Telšių NVĮ išvalyta 3772355 m3 nuotekų.
Nuotekų valymo įrenginių išleidžiamo vandens kokybė 2025 metais: